A Magyar Egyesületek Szövetségét 1998-ban azok a hiteles értelmiségiek és közéleti személyek hozták létre, akik elégedetlenek voltak a horvátországi magyar érdekvédelem és érdekképviselet akkori szervezettségével, hatékonyságával és színvonalával. A szervezet első elnöke dr. Sostarec Iván zágrábi egyetemi tanár volt.
Az elmúlt bő egy évtizedben a MESZ a legnagyobb horvátországi magyar érdekvédelmi szervezetté nőtte ki magát, mert célja és szándéka, hogy a Horvátországban élő magyar kisebbség közös érdekeit megfogalmazza és képviselje tevékenységének minden területén – oktatás, tájékoztatás, kultúra, tudomány, gazdaság, szociális kérdések, hatékony együttműködés hasonló szervezetekkel –, elfogadásra és támogatásra talált a horvátországi magyarság körében.
A MESZ ernyőszervezetként 41 bejegyzett horvátországi magyar egyesületet és civil szervezetet tömörít Horvátország egész területéről, és az egyenjogúság és egyenrangúság elve mentén a magyar kisebbség társadalmi beilleszkedésének mozgatórugójává lett.
A Horvátországban élő magyarok érdekvédelmén, kultúrájának fejlesztésén túl a Horvát Köztársaság kisebbségi jogokról szóló alkotmányerejű törvényében foglaltakkal összhangban törekszik a horvátországi magyar kisebbség kulturális autonómiája intézményének megvalósítására, és védi az oktatási intézmények és az egyházak függetlenségét.
1A horvátországi magyarságra nyelvi, szellemi és tárgyi értékeinek megőrzése és a közösségi élet fellendítése céljából a MESZ számos projektet bocsátott útjára, ezek közül külön jelentőséggel bír a Játszóházak, a Tájház, a Népfőiskola és a Magyar Házak munkacímű kezdeményezés.
Az 2007. évi horvátországi parlamenti választásokon mgr. Sója Dénes a Magyar Egyesületek Szövetsége támogatásával szerzett képviselői helyet. Sója Dénes a Horvát Szábor képviselőjeként az utóbbi 2,5 esztendőben az elődei által jegyzett eredmények sokszorosát mutatta fel.
A horvátországi magyarság választott parlamenti képviselője és a Magyar Egyesületek Szövetsége összekötő hidat képez a horvátországi és az anyaországi intézmények között.